La chiesa di San Francesco è un'opera dell'architetto Fra'Bevignate ed è situata nello stesso sito dove precedentemente si trovava la residenza degli Spadalonga, alcuni amici di Francesco, i quali gli offrirono una calda ospitalità quando lasciò la casa del padre.

La chiesa, l'unica della città con una navata centrale e due navate laterali, fu costruita nella seconda metà del XIII secolo. I pilastri ottagonali sostengono la volta situata alla stessa altezza nelle tre navate. Le volte e i capitelli sono il risultato del restauro del XVIII secolo.
All'interno della chiesa gli affreschi della capella sul lato sinistro sono particolarmente interessanti: le "Storie della Vergine" di ottaviano Nelli (intorno al 1400), Madonna con Bambino, S. Cristoforo, S.Antonio Abbate ed altri dipinti del XV secolo nella cappella di destra.
Il luogo è attualmente la sede della Pinacoteca Comunale