Fratta Todina appelée par Plinio sous son nom original de Tudernum, est l'une des plus petites communes de la région. De par sa position géographique, le village est l'objet de disputes entre Todi et Pérouse, laquelle tente de prendre le contrôle des territoires au-delà du Tevere.
Même si en 1310 Pérouse gagne la bataille de Montemolino, Fratta Todina reste dans l'orbite de la commune de Todi et de son évêché. En 1416 Fortebraccio da Montone élargit et fortifie le château pour le rendre plus sûr et confortable pour ses troupes.
Au XVIème siècle l'évêque y fait construire une splendide villa, embellie ensuite par un jardin riche de fontaines et de jeux d'eau. Fratta Todina devient ainsi un lieu de villéggiature privilégié pour les familles les plus intruites de la région.
Non loin du centre historique se situe le Couvent de la Spineta, l'un des lieux les plus suggestifs de la tradition la tradition franciscaine.