Les hypothèses sur l'origine du nom de la ville sont diverses : le mot Todi pourrait dériver du mot "frontière" ("tutere"), ou bien de l'étrusque "tudicolare"; ou encore de "tutus" (lieu élevé et fortifié"). Il existe divers mythes en ce qui concerne les origines de Todi, mais l'histoire dit que la ville fût fondée par les Ombriens en 2700 avant Jésus-Christ.
Ensuite, le peuple étrusque dans un premier temps, puis les romains après le III siècle avant Jésus-Christ, en prirent possession en laissant de nombreux témoignages, comme les "Nicchioni » Romains de la Place du Vieux Marché, faisant probablement partie à l'origine d'une basilique. En 88 avant Jésus-Christ Marco Crasso dépouilla de ses biens la ville, qui suite à la chute de l'Empire Romain fût pillée plusieurs fois. La figure du Saint Evêque Fortunato date de cette période ; celui-ci devint le protecteur de la ville.
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Au Moyen-âge, Todi fût une ennemie acerbe de la voisine Orvieto. Au XII siècle elle devint une Commune libre, inaugurant une période de grande fortune, au cours de laquelle la ville s'enrichit de précieux monuments, parmi lesquels le Palais du Capitaine, le Palais des Priori, la Cathédrale, et la très intéressante Eglise de Saint Fortunato.
En 1236 naquit le fameux citoyen de Todi, Jacopone de Todi, un des premiers poètes dialectiques d'Italie. En 1500, après une longue période de décadence, la ville bénéficia de la poussée artistique et innovante de l'époque de la Renaissance; un magnifique exemple est le Temple de la Consolation. A cette poussée artistique contribua énormément l'Evêque Angelo Cesi qui réalisa de nombreuses ouvres d'art.
