Es gibt verschiedene Hypothese über den Namen der Stadt: der Ortsname Todi könnte nämlich aus dem alten Wort „tutere" (d.h. Grenze) oder aus dem Etruskischen "tudicolare"; oder "tutus" (d.h. hoher, befestigter Ort) stammen.

Man erzählt auch viele Legenden über den Ursprung der Stadt, der Geschichte nach wurde aber die Stadt von den Umbrern um 2700 V. Chr. gegründet.
Später sind die Etrusker und endlich die Römer (3. Jh. V. Chr.) gekommen, die die Stadt eroberten. Die zwei Völker haben viele Zeugnisse hinterlassen, wie die römischen Nicchioni auf dem alten Marktplatz (Piazza del Mercato vecchio), ursprünglich Teil einer Basilika.
Im Jahr 88 v. Chr. räumte Marcus Crasso die ganze Stadt aus, und nach dem Fall des Römischen Reichs wurde die Stadt mehrmals geplündert.
Der heilige Bischof Fortunato stammt aus dieser unruhigen Zeit: er wurde später zum Schutzpatron der Stadt gewählt. Während des Mittelalters war Todi ein Todfeind von Orvieto.
Im 12. Jahrhundert war die Stadt eine Kommune (d.h. eine freie Stadt) und von diesem Moment erlebte die Stadt eine echte Blütezeit, in der viele Gebäude und Monumente gebaut wurden: der Palast del capitano del popolo, der Palast dei Priori, der Dom und die interessante Kirche San Fortunato. Im Jahr 1236 wurde der berühmteste Stadtbewohner geboren: der Heilige Jacopone, einer der wichtigsten mittelalterlichen Dichter.
Während des 16. Jh., erlebte die Stadt eine kunstvolle Renaissance Zeit: herrliches Beispiel davon ist der Tempel della Consolazione. Der Bischof Angelo Cesi gab einen wichtigen Beitrag zu dieser Zeit, da er viele Kunstwerke bauen ließ.