Il nucleo più antico di Passignano sul Trasimeno è ancora oggi cinto dalle cerchia di mura medioevali che testimoniano in modo significativo lo sviluppo che il centro subì da piccolo borgo agricolo durante l'Impero romano al castello che, dopo la Signoria di Uguccione II nel 917, venne a lungo conteso fra Arezzo, Perugia e Firenze.

Pochi sono gli edifici storici della cittadina a causa delle distruzioni dovute ai bombardamenti della II guerra mondiale, rimangono infatti la quattrocentesca chiesa di San Rocco e quella eretta solo pochi anni più tardi, di San Bernardino. Da Passignano si raggiunge in pochi minuti di battello l'Isola Maggiore, sul Lago Trasimeno dove si possono visitare la chiesa romanica di San Salvatore del XII secolo, quella di San Michele Arcangelo del XIV secolo e la Villa Isabella dei Marchesi Guglielmi. Sulla terra ferma, invece, a circa dieci chilometri da Passignano sul Trasimeno, sorge il piccolo borgo di Castel Rigone, dove è stato eretto uno dei pi eleganti edifici rinascimentali di tutta l' Umbria: la chiesa della Madonna dei Miracoli.