La petite ville de Marsciano est nommée pour la première fois en 1004, mais ses origines, comme celles de la majeure partie des villages nés dans les siècles suivant les invasions barbares, sont obscures.

Les Bulgarelli, famille d'origine longobarde, la possédaient déjà au XIIème siècle, et ils la cédèrent à Pérouse en 1281 pour empêcher que Todi n'en prennent possession. Une fois terminée l'autonomie de Pérouse, englobée dans l'Etat Pontifical, même Marsciano en suivit le destin.
Les vues extraordinaires qu'offre l'ensemble de collines qui entoure le village rappellent les peintures des maîtres ombriens du XVème siècle. Remarquable, dans le village, une fresque de Perugino dans l'église paroissiale de Cerqueto.