La chiesa di San Pietro, dopo essere stata allargata dagli Olivetani che si insediarono nell'abbazia nel 1505, è stata completamente modificata, tuttavia la sua facciata mantiene interessanti elementi architettonici che rendono possibile avanzare delle ipotesi realistiche sull'origine.

Ci sono quattro colonne, parzialmente incorporate, che probrabilmente sorregevano una galleria aperta poi demolita e che sono state usate ancora per la chiesa consacrata nel XI secolo.
Le colonne sono adornate dal capitelli corinzi in cattivo stato di conservazione, scolpiti con tre cerchi sovrapposti di foglie d'acanto, la presenza dei quali può essere collegata alle tendenze bizantine che nel sesto secolo lasciarono altri segni nella città. Piccole mensole, inserite nella facciata, dove sono stati scolpiti animali fantastici e motivi arborei, sono le basi di sostegno degli archi cechi corrispondenti alla galleria aperta scomparsa.
Dopo l'intimo cambiamento del Rinascimento, l'aspetto del tempio è di buonissimo gusto, imponente , con elementi architettonici perfettamente bilanciati. la chiesa mostra alcuni affreschi di Raffaellino del Colle e di discepoli del Caravaggio, mobili scolpiti ed intarsiati, la maggior parte dei quali dai fratelli Maffei, artisiti eugubini di grande valore.