Castiglione del Lago è stata costruita su un promontorio di roccia calcarea sulle sponde orientali del Lago Trasimeno. I primi ad occupare quest'area furono probabilmente gli etruschi, come sembrano suggerire i resti di tombe venuti alla luce nella zona.

Dopo l'occupazione romana il borgo appartenne di volta in volta al marchese di Toscana, all'abbazia di San Germano di Campoleone, a Perugia, al Ducato della famiglia Della Corgna fino al 1647, nuovamente al granduca di Toscana e, nel XVIII secolo allo Stato Pontificio. All'interno dell'abitato sono in ottimo stato di conservazione la cerchia di mura medioevali oltre che al Palazzo del Comune e al Palazzo Ducale dei Della Corgna. Quest'ultimo, probabilmente un rifacimento di una struttura preesistente ad opera del Vignola o dell'Alessi, ospita affreschi a tema mitologico di Giovanni Antonio Pandolfi e del fiorentino Salvio Salvini.
L'edificio di maggiore fascino di tutto il borgo è, però senza alcun dubbio, il castello che cinto da una possente struttura muraria con quattro torri e un alto maschio rappresenta uno dei più alti esempi di arte militare in Umbria.