L'église de St.François s'élève aujourd'hui à l'endroit où le Saint avait choisi d'être enterré, dans la zone d'Assise qui au Moyen-âge était connue comme "collines de l'enfer", c'est-à-dire le lieu qui, à cette époque, était destiné aux exécutions publiques.

Le chantier de la Basilique de Saint François fût commencé en 1228 sur la volonté du Pape Grégoire IX et grâce à l'activité de frère Elia, vicaire de l'ordre choisi par Saint François lui-même.
Seulement deux années furent nécessaires pour finir la structure architectonique de la Basilique inférieure d'Assise et seulement six autres pour inaugurer la Basilique supérieure de Saint François.
L'aspect actuel de la basilique de Saint François est toutefois le fruit de diverses interventions parmi lesquelles il est bon de rappeler la réalisation du clocher avec cuspides (1239), la construction d'un portique devant la Basilique inférieure (XVème siècle) et d'un atrium en pierre toujours pour le portail de la Basilique inférieure (1445), l'élimination des cuspides du clocher (1518).
L'édifice est aujourd'hui composé de deux églises superposées, celle supérieure ayant un aspect gothique, lumineux et élancé, celle inférieure en revanche, à laquelle on accède à travers un portail gothique du XIIIème siècle, est basse et austère.
Ici, l'intérieur à une nef avec transept accueille les extraordinaires "fresques allégoriques" de Giotto, la "Madonna Anges et Saint François" et les "Cinq Saints" de Simone Martini, les "Episodes de la vie et de la passion du Christ", la "Madonna et les Saints" et les "Stigmates" de Lorenzetti.
Toujours œuvre de Simone Martini et Giotto, nous trouvons respectivement dans la premièrchapelle à droite la "Vie de Saint Martin" et dans la troisième les "Saints et histoires de la Madonna". En 1818, suite aux fouilles sous l'autel, furent reportés à la lumière et, après un examen attentif officiellement reconnus, les restes du Saint; seulement deux années plus tard, sur la volonté du Pape Pio IX, fût lancée la construction de la crypte en style néo-classique dans la Basilique inférieure.
L'aspect actuel est toutefois le fruit d'une oeuvre de simplification réalisée autour de 1920. L'église supérieure, à une seule nef avec abside et vitraux raffinés du XIIIème siècle, est couverte de fresques avec le cycle de "La vie du Saint" de Giotto réalisé entre 1296 et 1300, avec les "Histoires de l'Ancien et du Nouveau Testament" de l'école de Cimabue et dans le transept, dans le croisillon et dans l' abside des fresques du même Cimabue datant de 1277 en plus d'œuvres d'autres maestro tels que Cavallini et Torriti.

Horaire d'ouverture de la Basilique:
Heure solaire
Basilique Inférieure 06.00 - 18.00
Basilique Supérieure 08.30 - 18.00
Heure légale
Basilique Inférieure 06.00 - 18.45
Basilique Supérieure 08.30 - 18.45

Saintes messes
Horaire jours de semaine 07.00/11.00/17.00 (horaire légal 18.00)
Horaire jours fériés Basilique Inférieure
07.30/09.00/10.30/12.00/17.00/18.30