La iglesia de S.Francisco hoy surge en el lugar en que el Santo había elegido ser sepultado, en la zona de Assisi que en la edad media se conocía como "cerro del infierno", es decir el lugar que en aquella época se destinaba a las ejecuciones públicas.

La construcción de la Basílica de San Francisco empiezó en 1228 por voluntad de Papa Gregorio IX y gracias a la actividad de fraile Elia, vicario del orden elegido por el mismo San Francisco.
Se necesitaron solamente dos años para terminar la estructura arquitectónica de la Basílica inferior de Assisi y solo otros seis para inaugurar la Basílica superior de San Francisco.
Su aspecto acual, sin embargo, es el resultado de varias intervenciónes entre las cuales se debe citar la realización del campanario con cúspides (1239), la construcción de un pórtico delante de la Basílica inferior ('400) y de un atrio de piedra siempre para el portal de la Basílica inferior an (1445), la eliminación de las cúspides del campanario(1518).
Hoy el edificio está constutuido por dos iglesias sobrepuestas, la superior es de aspecto gótico, luminosa y alta, la inferior, en vez, que se alcanza por un portal gótico del 200, es baja y austera.
Aquí el interior con una nave con crucero hospeda loe extraordinarios "frescos alegóricos" de Giotto, la "Virgen Angeles y San Francisco" y los "Cinco Santos" de Simone Martini, los "Episodios de la vida y pasión de Cristo", la "Virgen y Santos" y las "Estigmas" de Lorenzetti.
Otras obras de Simone Martini y Giotto están respectivamente en la primera capilla de derecha con la "Vida de San Martino" y en la tercera con "Santos y historias de la Virgen".
En 1818 con los trabajos de excavación debajo del altar se descubrieron los despojos del Santo, atenta examinadas y oficialmente reconocidas; solo dos años más tarde, por voluntad de Papa Pio IX, se empezó la construcción de la cripta en estilo neoclásico en la Basílica inferior.
Su aspecto actual sin embargo deriva de una obra de simplificación alrededor de 1920.
La iglesia superior con una sola nave con ábside y refinadas vidrieras del 1200 tiene los frescos del ciclo "La vida del Santo" de Giotto, realizado entre 1296 y 1300, con las "Histaorias del Viejo y Nuevo Testamento" de la escuela de Cimabue y en el crucero y ábside con frescos del mismo Cimabue de 1277 además de obras de otros maestros como Cavallini y Torriti.

Horarios de abertura de la Basílica:
Hora solar
Basílica Inferior 06.00 - 18.00
Basílica Superior 08.30 - 18.00
Hora legal
Basílica Inferior 06.00 - 18.45
Basílica Superior 08.30 - 18.45

Horario de las Misas:
ferial 07.00/11.00/17.00 (horario legal 18.00)
festivo Basílica inferior 07.30/09.00/10.30/12.00/17.00/18.30