Benché si possano trovare riferimenti alla zona della Porziuncola nei documenti del comune di Assisi risalenti intorno all'anno mille, è solo con la vita di San Francesco che il luogo acquisisce una sua precisa identità, essendo, sia un centro religioso per l’Ordine dei Frati Minori sia una meta privilegiata per i pellegrini.

Dopo aver abbandonato le ricchezze della propria famiglia San Francesco trovò rifugio in questa antica cappella, oggi accolta all'interno dell'ampia Basilica di Santa Maria degli Angeli, la restaurò e la ottenne in dono dai Benedettini. In questo luogo, il 28 marzo 1211 d.C. Chiara di Favarone di Offreduccio iniziò la sua vita monastica fondando poi l'ordine delle Clarisse e San Francesco ottenne in sogno da Gesù l'indulgenza del Perdono.
Già prima dell’edificazione della Basilica di Santa Maria degli Angeli, i visitatori alla Porziuncola erano così numerosi, stimati addirittura in 100000 nelle cronache del 1582 d.C., che si resero necessarie delle strutture per la loro accoglienza. E', ad esempio, il 1450 d.C. quando Cosimo dei Medici vuole espressamente la costruzione di quella "fontana delle 26 cannelle" detta anche "fontana dei pellegrini" che oggi si trova lungo il fianco della basilica.
La struttura della Porziuncola ricalca quell'impianto tipico delle strutture benedettine nello stile romanico umbro; la chiesa, costituita da pietre rozzamente squadrate, è rimasta inalterata ad eccezione del piccolo campanile - tabernacolo di ispirazione gotica, di un portale ligneo del tardo '400 e della facciata quasi completamente affrescata da Federico Overbek nel 1830 d.C. Gli interventi di restauro del 1998 hanno permesso di evitare l'ulteriore degrado della cappella e recuperare i tessuti pittorici tanto del grande polittico dietro l’altare dipinto nel 1393 d.C. da Ilario da Viterbo, quanto dei resti dell’affresco della Crocifissione nella parte absidale realizzato intorno al 1485 d.C. dal Perugino.