La Cappella del Transito è oggi accolta nel lato destro dell,abside della Basilica di Santa Maria degli Angeli, non lontano dalla chiesa della Porziuncola.

La piccola struttura, infatti, non era altro che l’infermeria di quel gruppo di capanne in cui San Francesco aveva raccolto il primo gruppo di frati. Il Santo morì in questo luogo il 3 Ottobre del 1226 d.C. dopo aver composto gli ultimi versi del del Cantico delle creature, quelli dedicati a "sora morte", e chiedendo espressamente di essere deposto sulla nuda terra. Sulla parete sinistra della cappella è rimasta la porta in legno del 1200 e sull’altare, deposto in un reliquario, il cingolo usato dal Santo; le pareti sono state affrescate intorno al 1520 d.C da Giovanni Spagna con le immagini di alcuni Santi francescani, e dei primi frati minori, mentre la statua di San Francesco che stringe in mano il Vangelo e la Croce in terracotta bianca smaltata fu realizzata intorno al 1490 d.C. da Andrea della Robbia.